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物理方法
物理方法主要是指疏挖底泥、機械除藻、引水沖淤和調水等。疏浚污染底泥意味著將污染物從(河道)系統中清除出去，可以較大程度地削減底泥對上覆水體的污染貢獻率，從而改善水質。調水的目的是通過水利設施(如閘門、泵站)的調控引入污染河道上游或附近的清潔水源以改善下游污染河道水質。此類方法往往治標不治本。
化學方法
化學方法如混凝沉淀、加入化學藥劑殺藻、加入鐵鹽促進磷的沉淀、加入石灰脫氮等方法。研究表明，這種方法對濁度、COD、SS、TP去除效果較好，對TN、重金屬等也有一定的去除效果，日藥劑用量少。但該方法易造成二次污染。
生態(tài)一生物方法
生態(tài)一生物法主要包括河道曝氣復氧、生物膜法、生物修復法、土地處理法、水生植物凈化法等。
①河道曝氣法人工曝氣復氧是指向處于缺氧(或厭氧)狀態(tài)的河道進行人工充氧以增強河道的自凈能力，改善水質、改善或恢復河道的生態(tài)環(huán)境。河道曝氣復氧一般采用固定式充氧站和移動式充氧平臺兩種形式。該工藝具有設備簡單、機動靈活、安全可靠、投資省、見效快、操作便利、適應性廣、對水生生態(tài)不產生任何危害等優(yōu)點，適合于城市景觀河道和微污染源水的治理。但是固定充氧曝氣每個曝氣點的服務面積小，尤其對相對封閉、基本不流動的水體，不能充分發(fā)揮其作用。移動式則避免了兩者的缺點。
②生物膜技術
生物膜技術是指使微生物群體附著于某些載體的表面上呈膜狀，通過與污水接觸，生物膜上的微生物攝取污水中的有機物作為營養(yǎng)吸收并加以同化，從而使污水得到凈化。目前，常用于凈化河流的生物膜技術主要有礫間接觸氧化法、排水溝(渠)的接觸氧化法、生物活性炭填充柱凈化法、薄層流法和伏流凈化法，用得比較多是接觸氧化法。該方法多使用天然材料為接觸材料，花費少，凈化效果好。
③生物修復技術
生物修復技術是指利用微生物及其他生物，將水體或土壤中的有毒有害污染物質現場降解為CO和水，或轉化為無毒無害物質的工程技術系統。用于污染水體治理的生物修復技術主要有兩類。
一類是直接向污染河道水體投加經過培養(yǎng)篩選的一種或多種微生物菌種，試驗證明COD去除率可達%以上。
另一類是向污染河道水體投加微生物促生劑(營養(yǎng)物質)，促進“土著”微生物的生長。投放藥劑后，通過促生作用，促進污染物降解微生物的生長，河道中微生物由厭氧向好氧演替，生物由低等向高等演替，生物的多樣性不斷增加，使污染水體的BOD，COD迅速下降，溶解氧明顯上升，黑臭消除。這種方法對于消除水體黑臭、增加水體溶解氧作用明顯。
④土地處理技術
土地處理技術是一種古老、但行之有效的水處理技術。它是以土地為處理設施，利用土壤、植物系統的吸附、過濾及凈化作用和自我調控功能，達到某種程度對水的凈化的目的。國外的實踐經驗表明，土地處理系統對于有機化合物尤其是有機氯和氨氮等有較好的去除效果。
⑤水生植物凈化法
該方法是充分利用水生植物的自然凈化機能的污水凈化方法。例如采用浮萍、濕地中的蘆葦等在一定的水域范圍進行凈化處理。但是生活污水的排入會產生臭氣、害蟲和景觀影響等問題，因此選用時要綜合考慮上述問題，如選擇在春夏季下風口的位置種植蘆葦等。
新工藝
隨著人們的對河道處理的不斷深入研究和實踐，國內外出現了不少新工藝，這些方法有個共同點就是朝著組合工藝的方向發(fā)展。組合工藝即利用兩種或兩種以上的優(yōu)點相結合，改良成的多功能工藝。
①懸浮填料移動床
懸浮填料移動床是以比重接近于水的懸浮填料直接投加到曝氣池中作為微生物的活動載體，依靠曝氣池內的曝氣和水流的提升作用處于流化狀態(tài)，它是懸浮生長的活性污泥法與附著生長的生物膜法相結合的一種工藝。這種工藝水力停留時間較短，COD和BOD去除率較高，且具有較好地氨氮去除效果。
②生物懸浮床技術
生物浮床技術是按照自然界自身規(guī)律，人工把高等水生植物或改良的陸生植物種植到富營養(yǎng)化水域水面上，通過植物根部的吸收、吸附作用和物種競爭達到凈化水質的效果，同時又可營造水上景觀。目前，在世界范圍內生物浮床技術尚處于試驗階段，它用于河湖水體修復，效果較好。
③曝氣生態(tài)凈化系統
曝氣生態(tài)凈化系統是以水生生物為主體，輔以適當的人工曝氣，建立的人工模擬生態(tài)處理系統，以高效降解水體中的污染負荷、改善或凈化水質，恢復水生態(tài)的一種污水處理工藝，是人工凈化與天然生態(tài)凈化相結合的工藝。它是在曝氣生物塘和人工濕地基礎上發(fā)展起來的一種污水凈化與資源化相結合的技術。
④組合生物修復技術
它是采用曝氣復氧、投加高效微生物菌劑及生物促生液、放養(yǎng)水生植物等構建的組合生物修復技術。這種工藝對嚴重污染的水體治理效果比較好，黑臭消除，水體COD平均下降%以上，DO平均升高mg/L左右、透明度平均增加cm以上；單一工程措施的修復效果不及組合技術。
⑤底泥生物氧化
底泥耗氧是河涌黑臭的重要原因之一。投放微生物雖然能解決部分問題，但由于外源微生物很難進入自然生態(tài)系中，其作用也十分有限。只有激活土著微生物，改善河涌微生物區(qū)系，提高其生物多樣性，建立良性生態(tài)平衡，并在河涌養(yǎng)護過程中不斷強化土著微生物活性，保持其生態(tài)平衡，提高自凈能力，才能從根本上解決河涌黑臭的污染問題。
